1、两者的法律属性不同

备用信用证条件下开证银行为主债务人（付款人）地位，只要受益人未履约而出具的声明书或者证件，开证银行就必须按信用证设定条件保证予以支付。

在保函条件下，银行为保证人地位，银行可以承担不可撤销连带责任担保，也可以为一般意义上的担保，此时银行有权行使先诉抗辩权。

2、两者的责任承担不同

备用信用证承担的是第一性的付款责任

保函具备第一性或第二性这两种付款责任

3、两者的独立性不同

备用信用证与设立的信用证的贸易合同之间没有关系，具有完全的独立性；

保函与设立的贸易合同之间主合同与从合同的关系，当贸易合同确认无效，则保函也自然丧失法律约束力；

4、两者的法律依据不同

备用信用证适用国际商会制定的《跟单信用证统一惯例》

银行保函则适用国际商会制定的《合约保证统一规则》